Un arrêt maladie peut durer quelques jours comme plusieurs années. Mais à partir de quel moment l’Assurance Maladie coupe-t-elle les indemnités ? Et qu’arrive-t-il quand on atteint le plafond ? Ces questions sont légitimes, car les règles varient selon le statut du salarié, la nature de la maladie et l’ancienneté dans l’entreprise — autant de paramètres qui rendent la réponse moins simple qu’un chiffre brut.
Voici ce que dit réellement la loi, sans langue de bois.
Les limites légales selon le régime général
Le plafond des 3 ans pour les salariés du privé
Pour un salarié affilié au régime général de la Sécurité sociale, la durée maximale d’indemnisation par l’Assurance Maladie est fixée à 3 ans sur une période de référence. Plus précisément : l’Assurance Maladie verse des indemnités journalières (IJ) pendant 360 jours maximum sur une période de 3 ans consécutifs (soit 1 095 jours calendaires). Passé ce cap, les versements s’arrêtent, sauf en cas d’affection de longue durée (ALD).
Concrètement, un salarié qui accumule des arrêts répétés — grippe, lombalgie, burn-out — voit ses droits décomptés sur cette fenêtre glissante de 3 ans. Rien n’empêche de reprendre le travail entre deux arrêts, mais chaque jour indemnisé est comptabilisé.
L’exception des affections de longue durée
Pour une maladie reconnue comme ALD (cancer, diabète de type 1, sclérose en plaques, etc. — la liste officielle compte 30 pathologies), la durée maximale grimpe à 3 ans renouvelables. L’Assurance Maladie peut prolonger l’indemnisation au-delà de 360 jours après avis du médecin-conseil. Cette reconnaissance change tout : le plafond des 3 ans s’applique par période, et une nouvelle période peut s’ouvrir si la reprise du travail intervient entre deux phases d’arrêt.
Le délai de carence et le maintien de salaire par l’employeur
Les 3 jours de carence
Avant que l’Assurance Maladie commence à payer, 3 jours de carence s’appliquent systématiquement pour les salariés du privé. Ces jours ne sont pas indemnisés par la Sécu. Selon la convention collective ou l’accord d’entreprise, l’employeur peut (ou doit) compenser ce délai — mais ce n’est pas automatique.
Dans la fonction publique, depuis 2018, un seul jour de carence est retenu. Petite subtilité : en cas d’hospitalisation, le délai de carence ne s’applique pas pour les fonctionnaires hospitalisés plus de 6 jours consécutifs.
La durée du maintien de salaire par l’employeur
L’employeur a l’obligation légale de maintenir une partie du salaire au-delà de la carence, sous conditions d’ancienneté — c’est la garantie de maintien de salaire issue de la loi de mensualisation de 1978. Voici les grandes lignes :
- 1 à 5 ans d’ancienneté : 60 jours à plein salaire + 60 jours à mi-salaire
- 6 à 10 ans : 80 jours à plein + 80 jours à mi-salaire
- 11 à 15 ans : 100 jours à plein + 100 jours à mi-salaire
- Plus de 16 ans d’ancienneté : jusqu’à 120 jours à plein + 120 jours à mi-salaire
Ces durées peuvent être améliorées par la convention collective applicable. Certaines branches (bâtiment, commerce — voir notre section Commerce & Entreprise) prévoient des conditions plus favorables que le minimum légal.
Que se passe-t-il après la durée maximale ?
La mise en invalidité
Quand les indemnités journalières s’arrêtent et que le salarié ne peut toujours pas reprendre le travail, l’Assurance Maladie peut reconnaître un état d’invalidité. Cette pension d’invalidité prend le relais des IJ. Elle est classée en 3 catégories :
- Catégorie 1 : capacité à exercer une activité réduite (pension = 30 % du salaire annuel moyen)
- Catégorie 2 : incapacité totale à travailler (pension = 50 % du salaire annuel moyen)
- Catégorie 3 : incapacité totale avec besoin d’une tierce personne (pension majorée)
La décision revient au médecin-conseil de la CPAM, qui évalue la réduction de la capacité de travail ou de gain. Si la capacité restante est inférieure à 2/3, la mise en invalidité peut être prononcée.
Le licenciement pour inaptitude
Un arrêt maladie, aussi long soit-il, ne peut pas à lui seul justifier un licenciement. Mais si le médecin du travail déclare le salarié inapte à son poste — après une ou deux visites de reprise — l’employeur est obligé de chercher un reclassement. Si aucun poste compatible n’existe, il peut procéder à un licenciement pour inaptitude. Cette procédure déclenche des indemnités spécifiques et suit un calendrier strict.
Les droits aux congés payés acquis pendant l’arrêt maladie restent dus, y compris en cas de licenciement. Pour un décryptage complet de l’articulation entre arrêt et congés, lisez Arrêt maladie et congés payés : décrypter vos droits.
Le cas particulier des travailleurs indépendants
Les règles changent radicalement pour les indépendants. Un autoentrepreneur affilié à la Sécurité sociale des indépendants (ex-RSI) perçoit des IJ uniquement après 3 ans d’affiliation et sous conditions de revenus minimaux. Le délai de carence est de 3 jours pour les arrêts liés à une affection de longue durée, mais monte à 90 jours pour les arrêts ordinaires — un gouffre financier que peu anticipent.
La durée maximale reste techniquement la même (360 jours sur 3 ans), mais le montant versé est souvent bien plus faible que pour un salarié, car il est calculé sur les revenus déclarés des 3 dernières années. Un indépendant aux revenus modestes peut se retrouver avec des IJ inférieures à 20 € par jour. D’où l’intérêt d’une prévoyance complémentaire.
Questions fréquentes
Peut-on prolonger un arrêt maladie indéfiniment ?
Non. Pour les salariés du régime général, l’Assurance Maladie verse des indemnités journalières pendant 360 jours maximum sur une période de 3 ans consécutifs. Au-delà, les versements cessent, sauf reconnaissance d’une affection de longue durée (ALD), qui permet de renouveler cette période. La mise en invalidité peut prendre le relais si le médecin-conseil constate une réduction durable de la capacité de travail.
Quel est le montant des indemnités journalières pendant un arrêt maladie ?
L’indemnité journalière versée par l’Assurance Maladie correspond à 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les 3 derniers mois de salaire brut avant l’arrêt, dans la limite de 1,8 fois le SMIC. En 2024, le plafond journalier est d’environ 52,28 €. L’employeur peut compléter ce montant selon la convention collective ou la loi de mensualisation.
Un employeur peut-il licencier un salarié pendant un arrêt maladie ?
Pas directement pour cause d’arrêt maladie : la loi interdit ce motif. En revanche, si les absences répétées ou prolongées désorganisent l’entreprise et rendent nécessaire un remplacement définitif, un licenciement peut être prononcé. La procédure doit être rigoureusement respectée, et tout licenciement abusif expose l’employeur à des dommages et intérêts.
Le délai de carence s’applique-t-il à chaque renouvellement d’arrêt ?
Non, pas systématiquement. Le délai de carence de 3 jours s’applique uniquement au premier arrêt. Si un nouvel arrêt survient dans les 3 jours suivant la reprise du travail, ou si l’arrêt est directement lié à une affection de longue durée (ALD), le délai de carence ne s’applique pas au renouvellement.
Quelle est la différence entre invalidité et inaptitude ?
L’invalidité est reconnue par le médecin-conseil de la CPAM : elle ouvre droit à une pension mensuelle quand la capacité de travail est réduite d’au moins deux tiers. L’inaptitude, elle, est prononcée par le médecin du travail après une visite médicale de reprise : elle concerne l’impossibilité d’occuper un poste précis dans une entreprise donnée, et déclenche une obligation de reclassement pour l’employeur.