Un arrêt maladie, ça commence souvent par une ordonnance signée en cinq minutes chez le médecin. Mais l’indemnisation qui suit, elle, est loin d’être automatique. Entre le délai de carence, les indemnités journalières de la Sécurité sociale, le maintien de salaire par l’employeur et les conditions à remplir, beaucoup de salariés se retrouvent surpris — parfois désagréablement — au moment de recevoir leur bulletin de paie.
Voici comment fonctionne concrètement le système d’indemnisation en France, qui paie quoi, et à quelles conditions.
Les indemnités journalières de l’Assurance maladie
Qui peut en bénéficier ?
L’Assurance maladie verse des indemnités journalières (IJ) aux salariés qui remplissent des conditions précises d’activité et de cotisation. Pour un arrêt de moins de 6 mois, il faut avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois précédant l’arrêt, ou avoir cotisé sur un salaire équivalent à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 derniers mois. Ces seuils excluent de fait certains travailleurs à temps très partiel ou en début de contrat court.
Les travailleurs indépendants relevant du régime général (auto-entrepreneurs, par exemple) ont aussi accès aux IJ, mais les conditions diffèrent : il faut justifier d’au moins un an d’affiliation. Un auto-entrepreneur lancé il y a 8 mois n’a donc rien à attendre de la Sécu en cas d’arrêt.
Combien représentent les indemnités journalières ?
Le calcul se base sur le salaire brut moyen des 3 derniers mois, plafonné à 1,8 fois le SMIC mensuel. L’IJ représente 50 % de ce salaire journalier de base. Concrètement, pour un salarié gagnant 2 500 € brut par mois, l’IJ tourne autour de 41 € par jour — soit environ 1 230 € par mois, bien loin du salaire net habituel.
Pour les longues maladies (au-delà du 31ème jour d’arrêt) et sous condition d’avoir 3 enfants à charge, ce taux passe à 66,66 % du salaire journalier de base. C’est l’un des rares cas où le code de la Sécurité sociale récompense explicitement la parentalité nombreuse.
Le délai de carence : les 3 premiers jours non indemnisés
La règle est simple et souvent douloureuse : l’Assurance maladie ne verse rien pendant les 3 premiers jours de l’arrêt. Ce délai de carence existe depuis des décennies et ne s’applique qu’une fois par arrêt — sauf si un nouvel arrêt survient plus de 48 heures après la reprise du travail, auquel cas un nouveau délai repart de zéro.
Certaines situations font exception :
- Les arrêts liés à une affection longue durée (ALD) : pas de carence.
- Les accidents du travail et maladies professionnelles : indemnisation dès le premier jour.
- Les rechutes dans les 48 heures suivant une reprise : pas de nouveau délai.
Le maintien de salaire par l’employeur
Ce que dit la loi
Le Code du travail impose un maintien de salaire, mais uniquement sous conditions. Le salarié doit avoir au moins un an d’ancienneté, avoir transmis son arrêt à l’employeur dans les 48 heures, et être pris en charge par l’Assurance maladie. Sans ces trois conditions réunies, l’employeur n’est légalement tenu à rien au-delà des IJ.
Quand ces conditions sont remplies, le maintien de salaire fonctionne ainsi :
- 90 % du salaire brut pendant les 30 premiers jours d’absence.
- 66,66 % du salaire brut pour les 30 jours suivants.
- Ces durées augmentent avec l’ancienneté : 10 ans d’ancienneté donnent droit à 60 jours à 90 %, puis 60 jours à 66,66 %.
L’employeur déduit les IJ versées par la Sécu de ce qu’il complète. L’objectif théorique : que le salarié perçoive un revenu proche de son salaire habituel, au moins pendant les premières semaines.
Les conventions collectives, souvent plus favorables
La loi fixe un plancher, pas un plafond. Beaucoup de conventions collectives prévoient un maintien à 100 % du salaire net dès le premier jour, sans délai de carence à la charge du salarié. C’est le cas dans de nombreux secteurs : banques, assurances, fonction publique hospitalière, chimie-pharmacie. Un salarié dans la métallurgie n’est pas logé à la même enseigne qu’un salarié dans la restauration rapide.
Avant de paniquer sur votre fiche de paie, vérifiez votre convention collective — elle est mentionnée sur le bulletin de salaire. Pour les questions liées à la gestion d’entreprise et aux obligations employeur, le site Commerce & Entreprise propose des ressources pratiques sur ces sujets.
Les démarches pour être indemnisé
Ce que le salarié doit faire
Trois actions concrètes dans des délais stricts :
- Envoyer le volet 3 de l’avis d’arrêt à l’employeur dans les 48 heures suivant la prescription.
- Envoyer les volets 1 et 2 à la CPAM dans le même délai.
- Remplir la déclaration de ressources si la CPAM le demande (situation fréquente pour les nouveaux assurés ou les situations complexes).
Un envoi tardif peut entraîner une réduction des IJ. Depuis 2021, les médecins peuvent transmettre l’arrêt directement par voie dématérialisée à la CPAM — mais le volet destiné à l’employeur reste à la charge du salarié. Ne comptez pas sur votre médecin pour tout gérer.
Les pièges à éviter
Premier piège : reprendre le travail sans avis de reprise officiel. Si la reprise n’est pas signalée à la CPAM et que le salarié est toujours en arrêt sur le papier, des trop-perçus peuvent être réclamés des mois plus tard.
Deuxième piège : oublier les visites de contrôle. L’Assurance maladie peut mandater un médecin-conseil pour vérifier que l’arrêt est justifié. En cas d’absence lors de cette visite — sauf sortie autorisée par le médecin traitant — les IJ sont suspendues. Et les sorties non autorisées entre 9h et 11h et entre 14h et 16h peuvent aussi entraîner une suspension.
La question des congés payés acquis pendant un arrêt mérite aussi attention. Si vous êtes dans cette situation, l’article Arrêt maladie et congés payés : décrypter vos droits détaille les règles qui s’appliquent, notamment après la jurisprudence de 2023 qui a changé la donne pour les salariés français.
Cas particuliers et situations spécifiques
Arrêt maladie pendant la période d’essai
Un salarié en période d’essai peut tomber malade. Résultat : la période d’essai est suspendue, et reprend à la guérison pour la durée restante. L’employeur ne peut pas rompre la période d’essai en raison de la maladie — ce serait une discrimination. Mais si l’essai n’est pas concluant pour d’autres raisons une fois la reprise effectuée, la rupture reste possible.
L’indemnisation Sécu, elle, reste soumise aux mêmes conditions d’activité antérieure. Pas d’ancienneté minimale requise pour les IJ, contrairement au maintien de salaire employeur.
Arrêt longue durée et ALD
Au-delà de 3 ans d’arrêt continu, le salarié peut être licencié pour inaptitude après avis du médecin du travail — pas pour la maladie elle-même, mais parce que son poste ne peut plus être maintenu. Les IJ longue durée de la Sécu peuvent aller jusqu’à 3 ans maximum pour les maladies ordinaires, sans limite de durée pour les ALD comme le cancer, le diabète insulinodépendant ou les pathologies cardiovasculaires graves.
Une pension d’invalidité peut prendre le relais si la capacité de travail est réduite d’au moins deux tiers. Son montant dépend de la catégorie d’invalidité : de 30 % du salaire annuel moyen pour la première catégorie à 50 % pour la seconde, avec une majoration possible en troisième catégorie si une tierce personne est nécessaire au quotidien.
Questions fréquentes
Quel est le montant maximum des indemnités journalières maladie en 2024 ?
Le plafond journalier est calculé sur 1,8 fois le SMIC mensuel, soit environ 52,28 € par jour pour 2024. Ce montant correspond au taux de base à 50 % ; il peut atteindre 69,71 € par jour au taux de 66,66 % pour les arrêts longs avec 3 enfants à charge. Ces plafonds sont révisés chaque année en fonction de l’évolution du SMIC.
L’employeur est-il obligé de maintenir le salaire pendant un arrêt maladie ?
Oui, mais uniquement si le salarié a au moins un an d’ancienneté, a transmis son arrêt dans les 48 heures et est pris en charge par l’Assurance maladie. Le maintien légal est de 90 % pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant 30 autres jours — durées allongées avec l’ancienneté. La convention collective applicable peut prévoir des conditions plus avantageuses, parfois avec maintien à 100 % dès le premier jour.
Que se passe-t-il si on ne respecte pas les horaires de sortie pendant un arrêt maladie ?
En l’absence d’autorisation de sortie libre délivrée par le médecin, le salarié doit rester disponible à son domicile entre 9h-11h et 14h-16h pour les visites de contrôle. Une absence non justifiée lors d’un contrôle peut entraîner la suspension des indemnités journalières, et l’Assurance maladie peut exiger le remboursement des IJ déjà versées pour la période concernée.
Un auto-entrepreneur peut-il être indemnisé en cas d’arrêt maladie ?
Oui, à condition d’avoir au moins un an d’affiliation au régime général. L’IJ est alors calculée sur la moyenne des revenus annuels déclarés des 3 dernières années, divisée par 730. Si les revenus sont faibles ou irréguliers, l’IJ peut être très basse — parfois quelques euros par jour. Contrairement aux salariés, il n’y a pas de maintien de salaire employeur ni de convention collective protectrice.
Combien de temps peut durer un arrêt maladie ordinaire ?
Pour une maladie ordinaire (hors ALD, accident du travail ou maladie professionnelle), l’Assurance maladie verse des IJ pendant 3 ans maximum sur une période de référence de 3 ans. Au-delà, si la capacité de travail reste réduite d’au moins deux tiers, une pension d’invalidité peut prendre le relais. La durée des arrêts successifs est cumulée : plusieurs courts arrêts pour le même motif comptent dans ce total.