Un arrêt maladie, ça n’arrive jamais au bon moment — et la première question qui suit le diagnostic, c’est souvent : est-ce que je vais continuer à être payé ? La réponse courte : oui, en partie. La réponse longue, c’est ce qui suit. Entre les indemnités journalières de la Sécurité sociale, le complément versé par l’employeur et le fameux délai de carence, le calcul final peut surprendre, dans un sens comme dans l’autre.
Comprendre comment se calcule votre maintien de salaire pendant un arrêt maladie, c’est éviter les mauvaises surprises sur votre fiche de paie et savoir exactement à quoi vous avez droit. Voici le mécanisme, sans jargon inutile.
Le délai de carence : les jours sans indemnité
Trois jours de carence côté Sécu
La Sécurité sociale impose un délai de carence de 3 jours avant de verser la moindre indemnité journalière. Concrètement, si vous tombez malade un lundi, vous ne percevez rien du mercredi inclus — les indemnités démarrent le jeudi, soit le 4e jour d’arrêt.
Ce délai s’applique à chaque nouvel arrêt, sauf si deux arrêts sont séparés de moins de 48 heures ou s’ils concernent la même affection longue durée (ALD). Dans ce cas, la carence ne court qu’une seule fois.
Et côté employeur ?
La convention collective ou l’accord d’entreprise peut supprimer ce délai de carence ou le réduire. Beaucoup de grandes conventions (bâtiment, métallurgie, cadres AGIRC) prévoient un maintien dès le premier jour d’arrêt — c’est un avantage non négligeable à vérifier dans votre contrat ou votre convention collective.
💡 Notre conseil
Avant un arrêt, vérifiez votre convention collective sur le site Legifrance ou demandez à votre RH. Certaines entreprises suppriment le délai de carence dès 1 an d’ancienneté — ça change vraiment le calcul.
Les indemnités journalières de la Sécurité sociale
La base de calcul
Les indemnités journalières (IJ) versées par l’Assurance Maladie se calculent sur votre salaire brut des 3 derniers mois précédant l’arrêt (ou des 12 derniers mois pour les salariés en contrats atypiques). La formule de base :
- On additionne vos salaires bruts des 3 derniers mois
- On divise par 91,25 (soit 3 mois × 30,42 jours)
- On applique un taux de 50 % sur ce salaire journalier de référence
Exemple concret : vous gagnez 2 400 € brut par mois. Votre salaire journalier de référence est de 2 400 × 3 / 91,25 = 78,90 €. Votre IJ brute = 78,90 × 50 % = 39,45 € par jour.
Le plafond à ne pas ignorer
L’IJ est plafonnée. En 2024, elle ne peut pas dépasser 52,28 € par jour (1,8 fois le SMIC journalier). Si votre salaire est élevé, vous êtes forcément perdant — c’est là que le complément employeur devient décisif.
50 %
du salaire journalier de référence versé par l’Assurance Maladie (hors ALD)
⚠️ Les conditions pour recevoir les IJ
La Sécurité sociale ne verse pas automatiquement à tout le monde. Pour toucher des indemnités journalières maladie, vous devez remplir des conditions précises au moment de l’arrêt :
- Avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois précédents (ou 600 heures sur 12 mois)
- Avoir cotisé sur un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire sur les 6 derniers mois (pour les arrêts de plus de 6 mois)
- Être affilié à la Sécurité sociale depuis plus de 12 mois pour les longues maladies
Si vous ne remplissez pas ces conditions — CDD court, période de chômage récente, embauche très récente — vous risquez de ne toucher que le complément employeur, si tant est que la convention le prévoit.
⚠️ À garder en tête
Les IJ sont soumises à la CSG et à la CRDS. Vous n’êtes pas imposable sur 100 % du montant, mais ces prélèvements sociaux s’appliquent bien, ce qui réduit encore la somme nette perçue.
Le complément employeur : qui en bénéficie ?
Les conditions légales
La loi prévoit un maintien partiel du salaire par l’employeur, à condition d’avoir au moins 1 an d’ancienneté dans l’entreprise. L’employeur verse la différence entre les IJ et un pourcentage de votre salaire brut habituel, selon une grille qui évolue avec l’ancienneté :
- De 1 à 5 ans : 90 % du salaire brut pendant 30 jours, puis 66,66 % pendant 30 jours supplémentaires
- De 6 à 10 ans : 90 % pendant 40 jours, puis 66,66 % pendant 40 jours
- De 11 à 15 ans : 90 % pendant 50 jours, puis 66,66 % pendant 50 jours
- Au-delà de 15 ans : 90 % pendant 60 jours, puis 66,66 % pendant 60 jours
Ces durées s’entendent par période de 12 mois consécutifs — si vous avez déjà eu un arrêt dans l’année, les compteurs sont partiellement consumés.
Subrogation : l’employeur avance les IJ
Dans de nombreuses entreprises, l’employeur pratique la subrogation : il perçoit directement les IJ de la Sécu à votre place et vous verse un salaire maintenu en une seule fois. Résultat visible sur votre fiche de paie : une ligne « maintien de salaire » qui intègre déjà les IJ, sans rupture de trésorerie de votre côté.
✅ À retenir
Avec 3 ans d’ancienneté, en arrêt simple (hors ALD), vous touchez grosso modo 90 % de votre salaire net pendant le premier mois — IJ + complément employeur combinés. C’est bien, mais ça descend vite dès le 2e mois si l’arrêt se prolonge.
🎯 Cas particuliers qui changent tout le calcul
Affection longue durée (ALD) et maternité
Pour les arrêts liés à une affection longue durée ou à une maladie professionnelle, le taux des IJ passe de 50 % à 66,66 % du salaire journalier de référence à partir du 31e jour d’arrêt continu. Le plafond reste le même, mais la base est plus haute — un gain significatif pour les arrêts prolongés.
La maternité suit un régime propre avec des IJ calculées différemment et un maintien à 100 % du salaire dans certaines conventions — c’est un sujet à part entière. Pour approfondir la question des droits liés à l’arrêt, notamment sur l’articulation avec les congés payés, consultez notre article Arrêt maladie et congés payés : décrypter vos droits.
Mi-temps thérapeutique
Après un arrêt, le médecin peut prescrire une reprise à temps partiel pour raison thérapeutique. Dans ce cas, l’Assurance Maladie verse toujours des IJ (réduites), et l’employeur complète selon les règles habituelles. Le cumul salaire partiel + IJ peut dépasser le salaire à temps plein — c’est légal et même recommandé pour les longues convalescences.
| Situation | Taux IJ Sécu | Complément employeur possible |
|---|---|---|
| Arrêt classique (≤ 30 jours) | 50 % | Oui, selon ancienneté |
| Arrêt classique (> 30 jours) | 50 % (pas d’évolution) | Oui, durée limitée |
| ALD / maladie pro (> 30 jours) | 66,66 % | Oui, selon convention |
| Mi-temps thérapeutique | Variable | Possible selon accord |
Comment simuler son salaire en arrêt maladie ?
Pas besoin d’un comptable pour faire le calcul. La méthode en quatre étapes :
Additionnez vos 3 derniers salaires bruts, divisez par 91,25.
Multipliez par 50 % (ou 66,66 % si ALD après 30 jours). Vérifiez que vous ne dépassez pas 52,28 € plafond.
Vérifiez votre ancienneté, votre convention collective et si l’entreprise pratique la subrogation.
3 jours sans IJ Sécu, sauf si votre accord d’entreprise supprime ce délai.
Le simulateur officiel de l’Assurance Maladie (ameli.fr) permet aussi d’obtenir une estimation personnalisée en quelques minutes — utile pour valider votre calcul manuel.
Pour les entrepreneurs, indépendants et professions libérales, le mécanisme est différent : les cotisations versées à leur caisse déterminent le niveau d’IJ, souvent bien inférieur à celui d’un salarié classique. C’est un enjeu majeur pour tous ceux qui gèrent une activité — retrouvez d’autres ressources sur ce sujet dans la rubrique Commerce & Entreprise.